"Facciamo diventare Puffetta una monella come noi!"

Il malvagio mago Gargamella, rimasto bloccato nel presente, si è trasferito a Parigi dove con la magia è diventato uno degli illusionisti più famosi del mondo. Le sue mire sono ormai quelle di conquistare l'intero pianeta, ma per farlo ha bisogno della magica essenza dei Puffi, che alimenta la sua bacchetta magica. Per farsi aiutare crea Pestifera e Frullo , una coppia di piccole creature che chiama Monelli, in tutto simili ai Puffi tranne che nel colore della pelle che è grigia. I due tramite il portale spazio-temporale arrivano al villaggio dei Puffi e rapiscono Puffetta, che in passato era stata creata da Gargamella ed aveva compiuto il passaggio da creatura grigia e malvagia a Puffo blu grazie ad un incantesimo del Grande Puffo. Per salvare la loro compagna il Grande Puffo, Brontolone, Vanitoso e Tontolone tornano nella nostra epoca dove chiedono aiuto a Patrick e Grace Winslow.